嵊泗列岛的历史较为悠久。据查考，远在三千五百年前的新石器时代，岛上已有人居住；菜园镇的基湖村就曾发现原始人使用过的石斧、石锛、印纹陶片和完整的鹿角；同时还发现有战国前期人类居住的遗址。古籍记载，我国历史上几次重大的航海事件，如唐朝鉴真和尚六渡扶桑；明朝郑和七下西洋；明末郑成功征发台湾岛等都途经嵊泗。嵊泗的历史沿革也经历了一个比较复杂的过程。据新版《嵊泗县志》载：“唐大中四年(850年)在小洋山建有隋炀帝庙。后晋天福八年(943年)在泗礁山建有资福院。北宋熙宁六年(1073年)有蓬莱乡北界村，此乃本县行政建置之始。”隋唐前嵊泗的大洋山、徐公山、黄龙山属会稽郡句章县。唐初，属贸县，开元二十六年(738年)分贸县于舟山建翁山县，北宋熙宁六年又在舟山建昌国县，嵊泗均为所属。
如果按照隋炀帝庙建庙(850年)算起，嵊泗有文字记载可查的历史已有一千余年。由于嵊泗地处海域，又是进出长江口的门户，也就成了历来的兵家必争之地。明朗万历年间，戚继光等抗倭名将在舟嵊平倭屡建奇功；1840年鸦片战争，英国侵略者从舟嵊打开缺口，进入长江，迫使清政府签订丧权辱国的“南京条约”；“七·七”芦沟桥事变后，日寇以嵊泗为基地，向沪抗大举进攻，爆发震惊中外的“八·一三”战争；解放前夕，党领导的东海游击队在舟山六横突围后，坚守嵊泗滩浒岛，谱写了“孤岛百天”的壮丽诗篇；1950年7月7日，嵊泗全列岛解放，从此揭开了历史崭新的一页。
景区有明清以来的摩 崖石刻多处，笔力雄健，皆出自明代都督侯继高、兵督司张文质及明将陈梦斗等人之手。“山海奇观”、“海若波恬”、“潮海风清”等石刻，为中华民族保卫国家海疆的历史见证。
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